Le fleuve comprend le lac Saint-Louis au sud de Montréal, le lac Saint-François à Salaberry-de-Valleyfield et le lac Saint-Pierre entre Sorel-Tracy (où débutent les marées) et Pointe-du-Lac.

Il baigne les Mille-Îles, l'île de Montréal, l'île Jésus (Laval), l'île d'Orléans en face de Québec et l'île d'Anticosti au nord-est de la Gaspésie.

Les marées cessent à Trois-Rivières (ou aux environs de) (ou en aval, ou dans le Lac St-Pierre) et la salinité de l'eau commence à l'est (en aval) de l'Île-d'Orléans (Salée jusqu’à Tadoussac et saumâtre jusqu’à Cap Tourmente).

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